De financiering van het voortgezet onderwijs gebeurt in principe door de overheid. Dit geldt zowel voor de personele als voor de materiële kosten.
De vergoeding voor de materiële kosten (leermiddelen, inventaris etc.) is echter niet voldoende om de werkelijke kosten te dekken. Objectief onderzoek, uitgevoerd in opdracht van de overheid, heeft dit aangetoond. Alle scholen voor voortgezet onderwijs in Nederland zijn afhankelijk van financiële aanvulling, ook het Comenius College.
In feite ontwikkelt de school veel meer activiteiten dan de overheid vergoedt. Wij vinden dat belangrijk voor de kwaliteit van ons onderwijs en onze begeleiding. Daarom vragen wij een bijdrage voor algemene schoolkosten. Dit is volgens de wet een vrijwillige bijdrage maar voor de school is de bijdrage in de praktijk onmisbaar.